制藥產生的污水因其污染物多屬于結構復雜、有毒、有害和生物難以降解的有機物質，對水體造成嚴重的污染。同時工業污水還呈明顯的酸、堿性，部分污水中含有過高的鹽分藥廠。廢水主要包括抗生素生產廢水、合成藥物生產廢水、中成藥生產廢水以及各類制劑生產過程的洗滌水和沖洗廢水四大類。其廢水的特點是成分復雜、有機物含量高、毒性大、色度深和含鹽量高，特別是生化性很差，且間歇排放，屬難處理的工業廢水。

制藥廢水處理時多采用“水解酸化+接觸氧化”，在處理水量較小的情況下也可采用高效一體化污水處理設備，根據不同的醫藥廢水水量以及廢水中COD含量也可采用“氣浮+水解酸化+SBR”“混凝沉淀+接觸氧化”“微波-接觸氧化”等工藝。